歐洲臺灣生技協會之慕尼黑場

週六中午,報名參加由一群臺灣人創辦的歐洲臺灣生技協會舉辦的「德國生技業的職涯發展」講座,看看在生技界的人是如何發展自己的專業領域。

一位是在 Roche 擔任研發工作,聽她的介紹,Roche 在慕尼黑南部有個比 HelmholtzZentrum münchen 還大的研究院區,可怕!製藥業的廠商擁有的資本似乎深不見底!

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因為生病而偷懶

日記因為生病而停了好幾天,實在是個不怎麼好的藉口!

連假開始的第一天,還沒出門旅行,所以先採購準備好生活用品,以及出門帶的餐點。

這天特別的是,跑到想了幾次但一直沒成行的日本超市逛逛。很棒,怎麼同樣是外國超市,MIKADO 就比上海超市乾淨整齊,華興和香港超市還算乾淨,但東西實在太多太雜,感覺就不整齊。我覺得,我對日本的好感度實在很高!喜歡日本的整齊有治序,同時又和臺灣有很高度的相似性,但又喜歡歐洲這種不緊迫的生活步調,每個人的生活空間比起亞洲實在大上許多。

也許我該去北海道逛逛!

今年年初到日本一趟,到目前為止想到有三個遺撼,第一是沒有機會和 Chihiro 見面聊聊天,第二是不知道到德國買到的保鮮盒樣式不佳,第三就是忘記要品嚐「納豆」。所以這天在 Mikado 特地買了一盒回來試試。

它的味道沒有很吸引人,好像 Yuki 他們認為和臺灣的臭豆腐有異曲同工之妙。按照網路上看到的影片,每個包裝盒裡應該會有兩包醬料,一是芥茉,一是佐料,可是這天買到的並沒有,幸好上回吃白香腸多帶回來的佐料還剩一包。經過調味的納豆,吃起來的口感還不錯,我把它和中午的炒飯搭配一起吃。真的要說缺點的話,就是價錢有點小貴,一盒要一歐兩角!

日超真的很有趣,裡面的店員是日本人,也許是看到我這亞洲人面孔,她在特地包裝冷藏的納豆時,竟然用日文問我,從內容和動作來猜,應該是問我要不要袋子!

下次還想再去,只是不太知道要在那邊買什麼!!我只是想享受那種氣氛。

鏡頭回到昨天的 Bioinformatic club,因為覺得應徵上這個博士後工作,除了研究的表現外,也應該要有點額外的加分動作,所以在之前 Stefan 詢問有哪些人有意給 talk 時,我勾選了 Ja。在時間的安排下,這天的主持人就是我,內容則是挑了基因表現的分群探討。

之所以挑這主題的用意,主要是呼應之前及最近有點困擾的資料分析。借由準備討論內容,除了給聽眾一些概念,也讓我對於這主題有較明確的認知。

隨著準備內容不斷增加,我覺得對它的瞭解實在很少,所以總想這樣的報告內容和我的理想程度有點落差,或許這也是自信心不足在作祟吧。

聽完我的報告後,底下聽眾給的回應是這報告很棒 🙂

隨著與其他同事的討論次數增加,愈來愈有明確感受,之後前讀書學習時,對於應用方式的背景知識,我省略的比例太高了,所以用起來都是只知其然而不知其所以然。

假期還有兩天,明天除非一早就下大雨,否則依照計畫搭火車去 Regensburg 和 Passau 走走吧。

在海德堡參加研討會之第二天

這天是研討會第一天,但是待在海德堡的第二天,因為若是這天早上才從慕尼黑出發,開車時間需要 3 個多小時,很早就得出門,所以之前決議是提早一天過來。因為出發時間是昨日下午 1 點半,加上中途接乘客的時間,抵達海德堡共花費 4 小時。

到德國三個月,這是第一次參研討會,之前的研究評量有小型研討會的性質,但仍舊不是正式的。 Continue reading “在海德堡參加研討會之第二天”

Install “GenomeTools” in Mac Mini Server 2010

In order to looking for the information of introns from genome sequence, I found this tool:

Genome Tools, which might be help. It can download from http://genometools.org/pub/genometools-1.5.3.tar.gz

My server is mac mini 2010 with OSX 10.9.

After downloaded, the install steps are:

tar -zxf genometools-1.5.3.tar.gz
cd genometools-1.5.3
make cairo=no test
#I had try some other options here, there just came with errors
#There are more than 1,500 steps will be tested here 

After them, the gt tool can be used. Wish I can find what I want.

DBD::mysql in mac mini

When I was installing the “PASA” on my mac, there was an error with the perl module: “DBD::mysql”. I could not install it by CPAN. After looking for some advice from internet, I found this “Python mysqldb“, and it worked.

  1. Create a symbolic link in
  2. /usr/lib
  3. sudo ln -s /usr/local/mysql/lib/libmysqlclient.18.dylib /usr/lib/libmysqlclient.18.dylib
    

植物分子育種技術平台之建構

http://agbio.coa.gov.tw/image_doc/04植物分子育種技術平台之建構.pdf

植物分子育種略分為三個技術平台,第一個為植物分子育種的生物資訊學平台此平台著重於植物之基因標 誌。第二個為基因分子標誌技術平台此平台將提供新的或改良式的篩選方式服務,使得優良基因型的選拔更加迅速而有效率。第三個是直接基因移轉平台能使DNA轉移進入細胞的工作更有效率、產出量也更高。以下將介紹每一個目標平台的現況與內容。

What is the difference between SOLiD, 454, and Illumina next-gen sequencing?

A short summary from StackExchange
Roche/454 FLX Pyrosequencer technology is based on pyrosequencing method, which utilizes the use of the enzymes ATP sulfurylase and luciferase. After the incorporation of each nucleotide by DNA polymerase, a pyrophosphate is released, which further takes part in downstream light-producing reactions. Continue reading “What is the difference between SOLiD, 454, and Illumina next-gen sequencing?”